MovableTypeのブロックタグ「MTSubCategories」はサブカテゴリを含めたカテゴリ一覧を表示してくれるファンクションタグです。このタグは「MTCategories」では使えた「show_empty」のモディファイアが使えないため、デフォルトの設定で記事のないカテゴリも一覧表示されてしまいます。

そもそも記事の登録がないカテゴリーを作らなければ良いのですが、客先にサイトを納品する際にカテゴリーをこちらで設定することもあり、記事が登録されたら表示したいという要望にも応えなければいけません。
その時の対処法として「MTCategoryCount」でカテゴリ内のブログ記事数を取得し、記事がない場合にはリストを表示しないというIf文を挿入します。

<mt:SubCategories>
<mt:SetVarBlock name="cat_count"><mt:CategoryCount></mt:SetVarBlock>
<mt:SubCatIsFirst><ul></mt:SubCatIsFirst>
<mt:Unless name="cat_count">
<li><a href="<mt:CategoryArchiveLink>"><mt:CategoryLabel></a></li>
</mt:Unless>
<mt:SubCatIsLast><ul></mt:SubCatIsLast>
</mt:SubCategories>

「MTSetVarBlock」タグでカテゴリ内のブログ記事数を変数にセットし、「MTUnless」で判別しリストを表示させています。
これで記事のないサブカテゴリが表示されないようになりました。